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方艙醫院產生的污水應當作為傳染病醫院污水進行管控，通過強化殺菌消毒，確保處理后污水中的糞大腸菌群數等指標達到《醫療機構污水污染物排放標準》的相關要求。處理污水有效的消毒方法，是通過自動加藥設備投加消毒劑進行消毒。我們通常使用的是含氯消毒劑，如次氯酸鈉、漂白粉等。同時，根據方艙醫院每天產生的污水量，科學測算消毒劑的投放量，并經過與污水的充分接觸，從而達到消毒的效果。
傳染病醫院須采用二級處理，并需進行預消毒處理。
方艙醫院醫療污水處理設備
消毒接觸池是醫院污水處理設施中的主要構筑物之一。它的主要作用是投加消毒劑后，使污水與消毒劑充分混合接觸，保證需要的消毒時間，達到消毒效果。
常用的氯消毒接觸池有如下要求：消毒接觸池的容積應考慮大小時水量、接觸時間和污泥沉積等因素。傳染病醫院污水接觸時間不宜小于1.5h，當采用污水泵提升時，污水量應按水泵實際小時排水量計算。連續式消毒的接觸池有效容積為污水部分容積和污泥部分容積之和。間歇式消毒，接觸池的總有效容積應根據工作班次、消毒周期確定，一般宜為調節池容積的1/2.接觸消毒池一般分為兩格，每格容積為總容積的一半。接觸池的水流槽寬度和高度比不宜大于1：1.2，長度和寬度比不宜小于20：1.接觸池出口處應設取樣口。
污水處理設備選擇根據：
1、在選擇醫院污水處理設備的時候，首先選擇的工藝應具備：處理工藝成熟、可靠，工藝流程簡單，所需設備及管道少，所選用的設備應是通用設備主要設計參數選用應留有一定余地，適應水質、水量變化較大的沖擊，維護工作量要小，選用設備的操作與控制要簡單，易被操作手掌握，維修技術水平要求較低，以便適應管理人員、專業知識水平較低人員更換較為頻繁的特點。
2、盡量采用一體化組合式構筑物或設備。一體化工藝可將各個處理單元組合在一起，各單元之間僅用一道隔墻分開。在隔墻上設孔口，就可實現相鄰單元的連接，各單元左右或上下交錯排列，構成一體。具有占地面積小，連接管道少，操作簡單，初投資及運行費用較低等優點。盡量采用埋地式或半地下式的形式，將醫院污水處理站全部或大部分埋置在地下，上面種草綠化。
3、設備不僅用于醫院，還可以用于學校、口腔醫院、寵物醫院、科研機構、檢測機構等各行業。
